En raison de sa superficie, de son abondance hydrologique et de sa situation centrale, le territoire du SAGE de l’Aulne est considéré comme un grand réservoir Breton. Il est caractérisé par trois éléments forts :
- la partie occidentale du Canal de Nantes à Brest (Hyères et Aulne canalisées) qui s’étend de la tranchée de Glomel dans les Côtes d’Armor, qui forme le bief de partage des eaux entre les bassins de l’Aulne et du Blavet, à l’écluse de Guily-Glaz à Port-Launay : 78 barrages écluses (datant de 1842) y contrôlent les niveaux des biefs ;
- le réservoir de Saint-Michel à Brennilis ;
- l’influence maritime en aval de Châteaulin et la partie Sud de la rade de Brest.
Les zones artificialisées sont peu importantes (< 3 % de la superficie du bassin versant). L’ensemble des espaces naturels représente 19,3 % du bassin versant. La surface restante (soit 78 % du territoire) est occupée pour grande partie par l’agriculture.